二者的区别主要是在定义及研究的侧重点上。
型是亚种以下的分类单元。通常表示能用某些特殊的特征加以区别的菌株类群。例如，在细菌分类中，以生物变型表示特殊的生化或生理特征，致病变型表示某些寄主的专一致病性，噬菌变型表示对噬菌体的特异性反应，形态变型表示特殊的形态特征。
菌株或品系是微生物学中常碰到的一个名词，它主要是指同种微生物不同来源的纯培养物。从自然界分离纯化所得到的纯培养的后代，经过鉴定属于某个种，但由于来自不同的地区、土壤和其他生活环境，它们总会出现一些细微的差异。这些单个分离物的纯培养的后代称为菌株。菌株常以数目、字母、人名或地名表示。
对微生物的分型其实就是将具有不同性状特征的同种微生物进行具体的分型，比如最常见的血清型分型，其实就是根据细菌表面的抗原对某种细菌进行分型。
而菌株则指的是对某一细菌进行培养而获得的纯种，所以不同来源的菌株可以是完全相同的同一种细菌。
把问题说的再清楚点吧，型和菌株?
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