截止到2011年，研究所主持和参加了一大批国家级重大科研项目和省部级、北京市科研项目，包括国家攻关、“863”高科技计划、“973”基础研究项目、“948”引进项目，以及国家自然科学基金项目、国际合作项目等，在蔬菜花卉种质资源和遗传育种研究、蔬菜栽培及病虫害综合防治研究、蔬菜生物技术育种研究等方面取得了一系列重要进展和成果。特别是研究所组织引进、研究的塑料地膜覆盖栽培技术使我国蔬菜及农作物栽培方式发生重要变革，产生了巨大的社会经济效益；“中甘”甘蓝、“中蔬”番茄、“中椒”甜椒、“中农”黄瓜等蔬菜系列新品种的育成，推动了中国蔬菜遗传育种研究的发展。
截止到2007年，研究所共获得科技成果奖励165项，其中主持完成的国家级奖励15项，参加完成的国家级奖励6项，省部级成果奖43项。先后培育出180多个优质、丰产、抗病的蔬菜新品种。这些成果的推广应用，极大地促进了中国蔬菜花卉科技和产业的发展，为农民增收、农村经济发展和社会主义新农村建设做出了突出贡献。
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