微生物的分类方法有多种，下面是其中一种。
常见的微生物分为三大类：原核微生物、真核微生物、非细胞微生物。
原核微生物又分为六类（括号中为代表生物）：古细菌（甲烷菌）、真细菌（大肠杆菌、蓝藻）、放线菌（链霉菌）、衣原体（沙眼衣原体）、支原体（肺炎支原体）、立克次氏体（普氏立克次氏体）。
真核微生物又分为三类（括号中为代表生物）：酵母菌（酒精酵母）、霉菌（青霉、毛霉）、大型真菌（香菇、灵芝）。
非细胞微生物分为两类（括号中为代表生物）：病毒（流感病毒、乙肝病毒）、亚病毒（疯牛病病毒）。
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