是这样的，投标的时候，甲方的招标文件没有图纸只有一个工程量清单，叫我们在清单上依次报价，单价固定，

第一个问题：首先，甲方存在的这些问题，在投标时你们应该提出来，让招标代理为你们组织答疑会。如果甲方在答疑时也是这样回答，没有图纸只有工程量清单，这可以视作工程量清单与图纸不一致，一般这种情况在工程开工的时候，建设单位会要求你必须对清单进行修正，然后确定清单量。而这个修正时间是有限制的，比如说一个月。那么过了这个修正时间，也就是你对清单量不存在异议了，那么建设单位 在以后施工中发现的遗漏将不予计量。也就是说出于对你们这方的财产保护，双方必须约定工程量在施工过程是可以发生改变的，最好签一份与这个有关的合同，别到最后图纸画出的工程量比清单多但却不付你们多出来的钱。
第二个问题：你们可以以工程量清单为基础填报相应的单价并计算合价。既然单价固定总价不固定，那你们就根据工程量清单计算出单价，因为第一个问题中你们约定工程量可以随时改变，也就是说你们按照他给的工程量计算单价收了钱之后万一图纸上有的工程清单上却没有你们还可以再继续把多出来的工程的钱要过来，这样既不用他退款也不怕他黑你们钱，因为你们有合同。并且你们在投标前应复核并确认招标人提供的工程量清单及相关资料。
那第三个问题就迎刃而解了，结算款=一开始工程量清单的单价总和+实际工程的附加工程量。因为你们后续随时都能再根据附加的工程量找他要钱（前提是必须签合同），所以一开始的定价就不用怕会定价低，只要定出他给的清单上的价钱就行了。

你不适合做生意，斤斤计较之人，早晚失败，回家洗洗早点睡吧，这样最没风险