特别行政区的政治制度体现了一国两制的原则。港人治港，澳人治澳。特别行政区的政治体制是行政长官负责制，即行政主导、司法独立、行政与立法既相制约又相配合。
特别行政区直辖于中央人民政府，其行政地位同省、自治区、直辖市等同，但是特别行政区实行高度自治、享有行政管理权、立法权、独立的司法权、终审权以及货币发行权。特别行政区的设立使我国单一制国家结构形式有了新的充实。
特别行政区政府行使的职权主要有:制定并执行政策;管理特别行政区的各项行政事务以及中央授权的对外事务;编制并提出财政预算、决算;拟定并提出法案、议案、附属法规;委派官员列席立法会并代表特别行政区政府发言。政府应向立法会负责，遵守、执行立法会通过的法律，定期向立法会作施政报告，答复立法会成员提出的质询。特别行政区政府征税和公共开支须经立法会批准。
目前中国共有香港、澳门两个特别行政区，除国防、外交归中央直接管辖，其它都是高度自治，中央政府不向特别行政区收税。
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