主要区别是，性质不同、作用不同、获取方式不同，具体如下：
一、性质不同
1、银行流水
银行流水是指银行活期账户(包括活期存折和银行卡)的存取款交易记录。根据账户性质不同分为个人流水和对公流水。
2、收入证明
收入证明是我国公民在日常生产生活经营活动中，所需要的对经济收入的一种证明。
二、作用不同
1、银行流水
银行流水是证明个人或公司收入情况的一种证明材料，是向银行申请贷款所必须的材料。
2、收入证明
一般在办理签证、银行贷款，信用卡等会被要求由当事人单位出具的对经济收入的证明。
三、获取方式不同
1、银行流水
①、携带本人身份证件及银行卡，到就近的银行网点查询即可，工作人员会帮忙将其进行打印。
②、也可以携带卡或存折到营业网点自助查询机自行打印。
③、开通了网银的用户，可登陆网上银行进行查询。
④、开通了手机网银的客户，也可登陆手机终端进行查询。
2、收入证明
由单位开具证明。
参考资料来源：百度百科-银行流水
参考资料来源：百度百科-收入证明
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