商标转让协议的生效时间是只要双方约定的生效条件成立合同就有效，转让方和受让方之间签订的民事合同，协议自双方约定的时间或条件成就时生效，如对此没有特别规定，该协议自成立时生效。
【法律依据】
根据《合同法》第四十四条，依法成立的合同，自成立时生效。
