（1）含目的基因的外源DNA分子上有PstⅠ、SmaⅠ、AluⅠ三种限制酶切割位点，但用AluⅠ切割会破坏目的基因，单独用PstⅠ切割会导致目的基因或质粒自身环化，也会导致目的基因和载体的黏性末端发生任意连接，因此为了避免目的基因和载体在酶切后产生的末端发生任意连接，在此实例中，应该选用限制酶PstⅠ、SmaⅠ分别对含鱼抗冻蛋白基因的DNA、质粒进行切割；用限制酶PstⅠ、SmaⅠ切割含目的基因的外源DNA分子后会产生4种DNA片段，而用限制酶PstⅠ、SmaⅠ切割质粒后会产生2种DNA片段．
（2）培养基中的氨苄青霉素会抑制番茄愈伤组织细胞的生长，要利用该培养基筛选已导入含鱼的抗冻蛋白基因的番茄细胞，应使基因表达载体Ⅰ中含有抗氨苄青霉素基因作为标记基因．
（3）将目的基因导入植物细胞常用农杆菌转化法；在个体水平检测鱼抗冻蛋白基因是否表达，通常采用将植物在寒冷的环境中培养方法．
故答案为：
（1）PstⅠ、SmaⅠ含鱼抗冻蛋白基因的DNA、质粒 4、2
（2）抗氨苄青霉素基因
（3）农杆菌转化 将植物在寒冷的环境中培养
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