1926年5月，郭琦元、汤蠡舟等在原亚东医大的校址上（上海市沪军营）创办东南医科大学（安徽医科大学前身）。
1931年，学校改称东南医学院，并正式立案。院本部迁至上海真如，原校址改作附属医院。
1949年底响应中共中央华东局面向农村，走向内地的号召，内迁安徽省怀远县，成为安徽省第一所高等医科院校。
1952年迁至省会合肥市现址，改名为安徽医学院。
1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。
2003年经国家教育部和安徽省人民政府批准，在合肥市经济技术开发区翡翠路15号创建安徽医科大学临床医学院。
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