细菌和真菌的名称中均有一个“菌”字，同属微生物，但两者在生物类型、结构、大小、增殖方式和名称上却有着诸多不同。比较如下：
一、生物类型
一是就有无成形的细胞核来看：细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。
二是就组成生物的细胞数目来看：细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物；真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）。
二、细胞结构
细菌和真菌都具有细胞结构，属于细胞型生物，在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质，但却存在诸多不同，具体表现在：
一是细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
二是细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
三是细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有。
四是细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）。
三、细胞大小
原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm；真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
四、增殖方式
细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
五、名称组成
尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字，但细菌的名称中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼，只有乳酸菌例外（实为乳酸杆菌）；而真菌名称中则不含有。
细菌的基本结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、遗传物质；真菌的基本结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核等．故真菌和细菌在细胞结构上的明显区别是有无成形的细胞核．
从生殖方式上看，细菌的生殖方式是分裂生殖，一个细菌分成两个细菌，而大部分的真菌靠产生大量的孢子进行繁殖，也有少数能进行出芽生殖，如酵母菌；孢子在温度、湿度等条件适宜的情况下能够萌发长出新的个体，这样的繁殖方式叫孢子生殖．
故答案为：真菌和细菌在细胞结构上的明显区别是有无成形的细胞核，细菌的生殖方式是分裂生殖，真菌的生殖方式是孢子生殖．
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