除外冠心病、夹层动脉瘤、肺炎、支气管扩张、COPD急发、大动脉炎、原发性肺动脉高压、肺动脉肿瘤、结缔组织病等疾病。
1.急性心肌梗死
急性肺栓塞可出现心绞痛症状及心梗心电图形，鉴别可根据心电图及酶学演变以及同位素扫描结果相鉴别。
2.心绞痛
部分老年肺栓塞者ECG可出现II、III、AVF导联ST及T改变，甚至V1～4出现“冠状T”，常因胸痛气短而误诊为冠脉供血不全或心内膜下心梗。但急性肺栓塞者，ECG常有肺性P波、电轴右偏、SⅠQⅢTⅢ等改变，核素心肌显相及肺同位素扫描可资鉴别。
3.夹层动脉瘤
急性肺栓塞出现胸痛、上纵隔增宽（上腔静脉扩张）伴休克者，可与之相混，但夹层动脉瘤者多有高血压病史、肢体脉搏改变，超声或CT检查有主动脉增宽现象。
4.肺炎
胸痛、咳嗽、发热及肺部阴影可与肺梗塞相混，但肺炎血气分析及ECG也多无改变，D-Dimer正常，抗炎有效，灌注扫描、胸部CT应能鉴别。
5.肺不张
手术后肺不张可与术后肺梗塞相混，血气改变也相近，但肺不张者肺灌注及下肢静脉检查正常。
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