一般，质谱出来的图谱是一些分子碎片峰。根据这些峰可以确定一些物质结构的信息。
比如根据其质荷比可以确定一些可能的结构基团。根据某些基团是否有同系的基团（质荷比相差14的整数倍左右）来确定碳链大概有多长。根据一些特别的峰的差质可以确定是否有卤素等元素。根据卤素等的峰的一些相邻峰的比例可以确定其同位素的含量。
如果是低分辨电子轰击（EI）质谱，由样品得到的质谱图可以通过检索NIST标准谱库进行匹配，从而得到可能化合物结构的信息。
如果是高分辨质谱，化合物的可能分子式是由精确质量测定的结果计算得到的。
右边最大值是相对分子质量，据相对分子质量确定分子式，
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