如果服务器（网站）被入侵了,一般都是服务器或者网站存在漏洞，被黑客利用并提权入侵的，导致服务器中木马，网站被挂黑链，被篡改，被挂马。解决办法：如果程序不是很大，可以自己比对以前程序的备份文件，然后就是修复，或者换个服务器，最好是独立服务器。也可以通过安全公司来解决，国内也就Sinesafe和绿盟等安全公司 比较专业.
我是从事IDC行业的.以上这些也是平时工作中经常遇到的问题.希望我的回答对你有所帮助.
去腾讯智慧安全申请个御点终端安全系统
申请好了之后，打开腾讯御点，选择修复漏洞
可以自动检测出电脑里面需要修复的漏洞然后一键修复
SQL注入攻击与防御.pdf
密码3200
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然后在里面找到御点终端安全系统
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