农村合作医疗在外地就医门诊费不能报销，住院费用要在户籍地报销，外地不能报销。就报销而言，农村合作医疗参保者大部分的费用都是门诊费用，在居住地不能报销，拿回户籍地还是得不到报销，即便是住院费用，回到户籍地可以报销但也存在办理报销的程序繁琐，来回成本太高的问题。
