可以分批收汇，不要超过规定的结汇期(结汇期：合同规定时间，或提单签发之日21日信用证有效期日，或信用证延期的日期！) .结汇跟退税没有关系（出口退税：报关单自出口日期起算超过90天没申报的话,如果不符合特殊情况事先备案的,就没有退税了.但如果工厂当月开出的增值税发票当月认证并当月抵扣的话,可免征17%税.建议咨询你们的税务专管员；因为不是单证不齐，只属于信息传送的问题，建议做备案，不做延期，备案后没有时间的问题！） 。
当然可以分批收汇，不要超过规定的结汇期就好了。跟退税没有关系。
可以分批，但是要注意结汇时间。如果要退税，要注意下不要超过开增值发票的时间范围
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