A．H2是由非极性键结合成的非极性分子，HCl是有极性键结合成的极性分子，Na2S属于离子化合物，不含共价键，故A错误；
B．Na2O2是离子化合物，CH4是由C-H极性共价键结合成的非极性分子，SiH4是Si-H极性共价键结合成的非极性分子，故B错误；
C．CS2是由C=S极性共价键结合成的非极性分子，CCl4是由C-Cl极性共价键结合成的非极性分子，N2是N≡N非极性共价键结合成的非极性分子，故C错误；
D．HCl是由H-Cl极性共价键结合成的极性分子，H2O是由H-O极性共价键结合成的极性分子，NH3是由N-H极性共价键结合成的极性分子，故D正确；
故选：D．
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