从你的表述看，A公司不仅是你们的代理报关公司，也是贸易代理公司。
请A公司出一份证明或申请,表明发票31036.17元款项中6844.95元付到哪个账户(A公司账户),剩余的24191.22元指定付到哪个帐户(香港本公司账户)---人民币可以直接付到香港吗？这一点我不太明确。
正常情况下应该由你们公司先付给A公司，再由A公司付给香港B公司。
如果你们有进出口经营权，不需要通过A公司来代理进口，只需A公司代理进口报关手续就可以了，A公司只需开报关手续费所对应的发票给你们；关税和增殖税海关有税单给你们，清关时就必须支付；货物的发票由香港B公司开给你们，你们凭报关单支付。
增值税计入应交税金-应交增值税-进项税额,关税计入成本
借:在途物资 \库存商品 (金额=未税金额+关税)
应交税金-应交增值税-进项税金 (进口增值税金额)
贷:应付账款\银行存款
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