在经过了50天左右的孵化期后，小绿海龟就会破壳而出。孵化中的稚龟包覆在柔软且具有韧性的蛋壳中，上面有许多不定型的蛋孔，是与外界交换气体和吸收孵化期间所需水分的重要结构，因此，稚龟孵化状况会受到卵窝位置与沙滩降雨量的影响。和多数其他爬虫类动物相似，绿海龟的性别取决于龟卵孵化期第3至5周（即孵化期的中段，称为性别决定期）的沙温。
研究资料显示，绿海龟的中枢温度（即卵窝产生50%雄性与50%雌性时的温度；Pivotal temperature）虽因地区的不同而有所差异，但通常介于28.0-30.3℃之间，当性别决定期温度高于中枢温度时，孵化出的均为雌龟，当温度低于中枢温度时，孵化出的均为雄龟，而介于中枢温度间的沙温，则会孵化出性别比例接近的稚龟。
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