A、在减数分裂过程中，等位基因分离随着同源染色体分离而分离，A正确；B、在减数分裂过程中，只有非同源染色体上的非等位基因可以自由组合，而同源染色体上的非等位基因不可以自由组合，B错误；C、在减数第一次分裂后期，同源染色体分开的同时，非同源染色体自由组合，C正确；D、等位基因是控制一对相对性状的基因，一般是一个来自于父方，一个来自于母方，D正确．故选：B．
