福建医科大学算不算一本院校，能不能报考第二军医大学的研究生呢？

不是一本学校。
报考第二军医大学的研究生的条件如下：
报考条件 ：
1．拥护中国共产党的领导，坚持四项基本原则，
品德良好，遵纪守法，勤奋好学，身体健康，立志为国防现代化建设服务；
2．考生的学历必须符合下列条件之一：
（1）国家承认学历的应届本科毕业生；
（2）具有国家承认的大学本科学历的人员；
（3）获得国家承认的大专毕业学历后，经两年或
两年以上学习或工作的人员，国家承认学历的成人高校应届本科毕业生，以及大学本科结业人员，可以同等学力身份报考。
以同等学力身份报考的考生，必须具备以下要求：
①修完本专业大学本科八门主干课程，并提交进修院校教务部门开具的成绩单；②报考专业与所学专业相同或相近。复试时须加试两门业务课。现场报名后须将大专毕业证书、成绩单等复印件寄送我校研究生院，审核合格后寄发准考证。
3．地方全日制应届本科毕业生可以报考军队计划内录取研究生，但年龄不得超过 26 周岁（截止到 2010年 8 月 31 日） ；其他考生报考不受年龄限制。
4．符合军队院校学员入学的体检要求。
5．非应届毕业生报考临床各专业，无执业医师资格证书者只能录取为科研型研究生。

不算一本，但临床专业是本一专业。

二本，可以，只要你能考上