医院设置党政职能科室17个；业务科室51个，其中保健科室11个，临床科室27个，门诊、医技、科研机构13个；后勤保障部门7个。医院妇科为甘肃省临床医学中心，产科、新生儿科和乳腺科为甘肃省临床医学重点学科 。
