A、根据分析可知：A组、B组和C组所运用的育种方法分别是杂交育种、单倍体育种和诱变育种，A正确；
B、A组和B组都利用杂交的方法，目的是一致的，即将控制优良性状的基因集中到同一个体上，B正确；
C、A组的F2中的矮秆抗病植株含有杂合体，需要进行自交筛选，因而不可以直接用于生产；B组的矮秆抗病植株是单倍体，需要用秋水仙素处理，使其染色体加倍后才能用于生产，C错误；
D、由于萌发的种子或幼苗的细胞分裂能力强，容易发生突变，所以C组r射线要处理萌发的种子或幼苗，D正确．
故选：C．
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