崇圣祠：祠祀孔子五世祖：孔子父纥梁公，祖父伯夏，第三世祖防叔公，第四祖祈义，第五世祖木金父。
功祠（又名思官祠）：祠祀有功于孔氏南宗乾。如宋代宝祐年间，为鼎建家庙，克尽全力的衢州知州孙子秀，明弘治至正德年间为孔氏南宗的复兴，而尽全力的吏部郎中周木，衢州知府沈杰、清同治年间，帮助孔氏南宗办学的浙江巡抚左宗棠等人。
五支祠：祀孔氏五支之祖。
六代公爵祠：祠祀自孔端友至孔洙六代衍圣公。
袭封祠：祠祀孔彦绳圣孔庆仪十五代翰林院五经博士。
圣泽楼：存放皇帝和朝廷给于孔裔的文墨和赠品。
思鲁阁：衢州孔庙人成殿西侧，有一座曲阜孔庙所没有的建筑，名曰“思鲁阁”。在孔庙建立思鲁阁，这在全国也是绝无仅有的。“思鲁”是叫南宗孔氏子孙不忘故之意，“思鲁阁”正是南宗孔氏子孙为表达他们思念山东曲阜和家人而精心设计建造的。
以上建筑（除崇圣祠）是天下孔庙所没有的。这也就是孔氏衢州家庙特色的所在。
末代“大成至圣先师南宗奉祀官”、孔子第七十五代裔孙孔祥楷现为衢州孔氏南宗家庙管理委员会主任。
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