内质网上核糖体主要把氨基酸加工成蛋白质,更确切的说是多肽;之后内质网将其盘旋、折叠，把某些多肽加上糖侧链；而高尔基体将多条多肽链加工成蛋白质。但是，既要内质网又要高尔基体加工的蛋白质一定是分泌蛋白，细胞自用的蛋白质一定不须内质网加工。
内质网是对蛋白质进行糖基化形成糖蛋白而高尔基体对蛋白质进行再加工形成成熟蛋白.
