药理一般就是指西药药理学 而中药药理学是指 在中医基础理论指导下，对疾病有 预防 诊断 治疗 康复和养生保健的作用的药物。中西医的基本指导思想是不同的 中医注重整体 西医注重细微和局部 所以说 根本差别就是指导思想 基本理论的不同
药理是研究药物与机体之间关系的学科，药理学和中药药理学的研究对象不同，中药药理的研究对象是中药，但方法是药理学的研究方法为基础，阐明各种功效的作用机制。
这门学科的历史不长，加上中药的特殊性（中医学理论的指导和成分复杂），所以研究前景比较宽阔，所以教科书上也比较模糊，比如麻黄汤有发汗作用，但它的发汗机理却并没研究明确，可能是抑制钠离子重吸收也可能是兴奋汗腺a受体。
药理学(pharmacology)是研究“药物”与机体相互作用及其规律和作用机制的一门学科
中药药理学（pharmacology of Chinese materia medica ）运用现代科学方法研究“中药”与机体（包括病原体）相互作用及其作用规律的中药学科
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