MSEL【1：0】已经接地，表示你设置成了AS模式。这个和你是否使用JTAG下载没有关系。
手册中“Dedicated Configuration Pins on the Cyclone II Device”表中在User Mode栏中对ASDO和nCSO的描述为：
N/A in AS mode
I/O in PS and JTAG mode
既然是AS模式nCSO和ASDO就成了专用管脚，不能用作User Mode了，就是说不受你控制了。
你看能不能把MSEL【1：0】设置成非AS模式。
另外你如果想使用这两个管脚操作外部的配置芯片，可以使用Altera专用的IP核。
你到soiseek去看看datasheet再说
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