按照企业破产法进行清理和核算。
《农民专业合作社法》第四十八条规定，农民专业合作社破产适用《企业破产法》的有关规定。但是，破产财产在清偿破产费用和共益债务后，应当优先清偿破产前与农民成员已发生交易但尚未结清的款项。上述规定是对合作社破产财产优先清偿顺序的规定，体现了对农民成员权益的特殊保护，包含两层意思：一是，农民专业合作社的破产财产在清偿破产费用和共益债务后，应当优先清偿破产前与农民成员已发生交易但尚未结清的款项。享有优先受偿权的只限于农民成员。二是，在优先清偿破产前与农民成员已发生交易但尚未结清的款项之后，合作社破产财产的清偿顺序再适用《企业破产法》的有关规定。
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