1974年3月3日，由伊斯坦布尔发往伦敦的DC-10机型的981次航班，在经由地巴黎奥利机场起飞后仅十多分钟，便坠落到近郊的森林中，乘务人员及乘客共346人全部死亡。其坠落原因被认为是飞机后部的行李舱的门出了问题而无法完全关闭，起飞后机内的压力使行李舱的门开启，机内压急剧下降造成油压系统的损坏。
2009年2月25日，由伊斯坦布尔发往阿姆斯特丹的搭载乘务人员7人及128名乘客的土耳其航空1951次航班（波音737-800型客机），在阿姆斯特丹史基浦机场着陆时发生事故。据荷兰航空部门的统计，事故造成9人死亡，50人受伤。
2015年4月17日该公司一架飞往巴塞尔的班机因传出炸弹威胁，被迫折返伊斯坦布尔。这家波音738飞机载有151名乘客。
2015年7月7日，据外媒报道，土耳其航空和印度安全消息人士称，土耳其航空一架空客A330客机因在飞机上的一个卫生间发现写有炸弹威胁的信息，于当地时间7日在印度新德里紧急降落。
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