①Cl2的结构式为Cl-Cl，所以只存在σ键，故错误；②H2O中只存在共价单键，所以只存在σ键，故错误；③N2的结构式为N≡N，所以含有σ键和π键，故正确；④H2O2中只存在共价单键，所以只存在σ键，故错误；⑤C2H4的中氢原子和碳原子之间存在共价单键、碳碳之间存在共价双键，所以含有σ键和π键，故正确；⑥CO2的结构式为O=C=O，所以含有σ键和π键，故正确；故选D．
