Where are you from? 通常这种说法是问话人第一次见到对方时,根据对方的口音肤色装扮等判断对方可能不是本地人,通过这句话询问对方的家乡是哪儿,表示地点。
Where do you come from? 除了表示地点之外,它还有更宽泛的用法,比如说背景
I come from a poor family.
Where did you come from? 用来询问说话之前的一刻对方在哪儿,通常用在对方出乎意料的出现时。比方说你在外地出差,正在做大保健呢,突然发现你家邻居也在那儿消费,他的出现很意外,你会问:你怎么在这儿啊?你从哪儿过来的啊?
这三者在语义上区别不大,需要根据上下句语境具体来看。
没区别,意思都是你来自哪里,只是谓语动词一个BE动词一个实意动词而已。
没区别,可互换。