过去印度史学家曾根据毁灭后的遗址和遗物,提出种种假说,其中,较有影响的有以下两种:
(1)外族入侵说
此说过去影响较大。持此说的学者认为,大约在公元前1750年左右,印度河流域的一些城市遭到了很大的破坏,特别明显地表现在摩亨佐—达罗的毁灭。在这座城市的街巷和房屋里留下了不少像是被杀戮的男女老幼的遗骨。例如,在下城南部的一所房屋里,发现有13个成年男女和儿童的骨骼横躺竖卧,杂乱无序。在这些人中,有的还带着手镯、戒指和串环等,显然是突遭杀害的;还有一个头盖骨上留有146毫米深的刀痕,这大概是被入侵者用剑砍杀而死的。在街头井旁,也都发现有尸骨,有些尸骨上留有刀痕,有的四肢呈痛苦的挣扎状。在下城北部的街巷中,发现有另一骨骼群,其中还有两根象牙,这可能为象牙雕刻匠人一家的不幸遭遇。
持此说者认为,摩亨佐—达罗在经过这一次大规模的入侵后,居民东奔西跑,从此古城才开始荒凉了。在这同时,哈拉帕文化的其他地区城镇也遭到了或轻或重的破坏。在哈拉帕卫城上层有明显的衰落迹象,特别是在这里发现有新的外来陶器类型与哈拉帕文化并存。这一切说明当时有新的入侵者占据了哈拉帕文化区域。
(2)地质和生态变化说
持此说的学者认为印度河床的改造、地震以及由此而引起的水灾都会给古城文化带来巨大的破坏。此外,河水的泛滥,沙漠的侵害,海水的后退也都会引起生态的巨大变化。古城文化毁灭的原因,可能因地而异。例如海水的后退,对沿海的港口城市会带来很大的破坏。有的学者认为《百道梵书》所记载的当洪水毁灭世界之时,只有人类的始祖摩奴一人在神鱼的启示和帮助下造船得救的传说,可能就是对印度文明毁灭的一个回忆。