若是根据已知序列扩增未知物种的相应序列，可以根据先根据已知序列进行Blast搜索，发现其他同源序列，保存后进行比对，找出其中较保守区域，并根据Primer或Oligo等软件对某条序列进行分析，搜索其中适合做引物的片段，并人工修正不合适部分。也可以设计成兼并引物。
如果已经获得序列，只是需要设计引物将其中某段扩增出来，相对就简单些了，可以直接用上述软件进行设计就可以了。
当然，实际操作起来还要看运气啦。------更多交流，中国西部生命科学论坛
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