下列迹象可能表明企业的内部控制存在重大缺陷：（1）注册会计师发现董事、监事和高级管理人员舞弊；（2）企业更正已经公布的财务报表；（3）注册会计师发现当期财务报表存在重大错报，而内部控制在运行过程中未能发现该错报；（4）企业审计委员会和内部审计机构对内部控制的监督无效。
财务报告内部控制控制缺陷的严重程度取决于：（1）控制缺陷导致账户余额或列报错报的可能性；（2）因一个或多个控制缺陷的组合导致潜在错报的金额大小。
控制缺陷的严重程度与账户余额或列报是否发生错报无必然对应关系，而取决于控制缺陷是否可能导致错报。评价控制缺陷时，注册会计师需要根据财务报表审计中确定的重要性水平，支持对财务报告控制缺陷重要性的评价。注册会计师需要运用职业判断，考虑并衡量定量和定性因素，同时要对整个思考判断过程进行记录，尤其是详细记录关键判断和得出结论的理由。而且，对于“可能性”和“重大错报”的判断，在评价控制缺陷严重性的记录中，注册会计师需要给予明确地考量和陈述。
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