有可能是转换器识别不出pdf文档上面的内容。
出现格子可能是：1由于全角半角导致的。2打上去的特殊字符。3文档编译的时候出现的乱码。4当字体库中没有该文字导致的。5其他。
毕竟是机器达不到人工智能的情况。所以转换出现格子很有可能是第3或4的原因。
与源文件差别大可能是识别错了。
如果只要文字的话，使用ocr软件即可，比如cajview、慧视小灵鼠等。
如果只要位图的话，使用PDF Editor等即可。
如果需要图文混排且格式不变，推荐使用ABBYY FineReader进行转化，效果比较好。
另外，矢量图是转换不了的，只有重做
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