A、卵壳位于鸟卵的最外层，起保护作用，不是鸟卵的主要结构．A错误；B、卵黄里含有丰富的营养物质，为胚胎发育提供营养，不是鸟卵的主要结构．B错误；C、卵白位于卵细胞的最外面，既能保护卵细胞又能为胚胎发育提供营养和水分，不是鸟卵的主要结构．C错误；D、卵黄上的小白点叫做胚盘，含有细胞核，内有遗传物质，将来发育成胚胎，所以是鸟类的主要结构．D正确．故选：D．
