这个“二年内不得离职”是指的服务期，不是劳动合同期限。
劳动合同期限，是指劳动合同效力所及的时间长度，也就是劳动合同的有效期限。对劳动者而言，就是其为单位工作的期限，对单位而言，就是其提供劳动岗位和报酬的时间期限。
而服务期是劳动者与用人单位约定在用人单位专门出资，为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的情况下，劳动者必须为用人单位提供服务的期限。服务期可以长于劳动合同期限，只要是双方的真实意思表示并通过合同固定下来，则对双方就具有约束力。
作为对用人单位提供专项培训费用、对劳动者进行专业技术培训的对价，服务期是劳动者应履行的一项义务，同时是用人单位的权利，因此，如果用人单位要求本单位劳动者继续履行服务期的，劳动者应当履行，否则即为违约。
《劳动合同法》第二十二条规定：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
所以你必须在单位服务满两年才能离职，否则必须支付相应赔偿。和你的劳动合同期限没有关系。
您与公司签订的培训协议属于劳动合同的补充，按其规定2年内不得离职，如果期限未满您就辞职了，那么您就是违约了，需要承担违约责任，所以公司按协议规定扣除您的工资。
就有关专业技能培训而签订的服务合同，如果调整了劳动合同期的，可以适用服务合同的期间来确定劳动合同期，如果违反约定而解除合同，自然公司可以根据合同约定依法扣除相应的培训费用。但是费用的扣除计算是否合理，应根据你的实际情况确定。如果你自行无法确定，可以带上资料咨询当地律师。
如果你们的协议是这么签订的话，那么就必须执行。
两年合到期 你不想续约 公司不应扣除您的工资
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