因中华人民共和国交通运输部对香港道路不具备实际管辖及经营权，京港澳高速作为内地段止于深圳市皇岗，但是皇岗口岸落马洲管制站经新田公路、青朗公路、青衣西北交汇处、青屿干线、北大屿山公路及港珠澳大桥是京港澳公路的一部分（香港段）。澳门段由港珠澳大桥港澳交界处起，至北区东方明珠结束。澳门段为京港澳高速公路设想之终点，在此与其并行线广澳高速公路相接。
