A、将气体分别通入澄清石灰水中只能鉴别出二氧化碳,无法鉴别氢气和氧气,此项错误;B、分别通过灼热的CuO粉末,只有氢气有还原性能还原氧化铜,无法鉴别氧气和二氧化碳,此项错误;C、将水分别倒入集气瓶中中,根本没有什么特殊现象发生,无法鉴别它们,此项错误;D、将燃着的木条分别伸入气体中,熄灭的是二氧化碳,燃烧得更旺的是氧气,气体燃烧并发出淡蓝色火焰的是氢气,所以D正确;故选D.