A、不同组织的细胞中细胞器的种类和数目不完全相同，如叶肉细胞含有叶绿体，而根尖细胞不含有，A错误；B、由于基因的选择性表达，不同组织的细胞之间蛋白质的种类和数目不完全相同，B错误；C、体细胞的增殖方式是有丝分裂，染色体复制后平均分配，则遗传物质相同，C错误；D、细胞分化使得不同组织细胞的形态、结构和生理功能不同，D正确．故选：D．
