如果女儿的出生医学证明是手写的，且派出所表示不能使用，您可以考虑以下几种方法：
1. 前往原开具出生医学证明的医疗机构，请求重新开具一份正式的出生医学证明。
2. 向当地公证处申请出生公证。公证处会要求提供一些相关的证件和材料，如您的身份证、结婚证、户口簿等，以及您女儿的出生医学证明和照片等。办理出生公证需要一定的时间和费用，但是公证处的公信力较高，证明效力也比较强。
3. 如果以上两种方法均不可行，您可以向当地人民法院提起诉讼，要求法院判决确认您女儿的出生事实，并申请办理相应的户籍手续。
需要注意的是，不同地区的具体规定可能有所不同，建议您先向当地公安机关或民政局咨询相关政策和办理流程。
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