厂房违章建筑如何处理？

应该罚款并且限期拆除。

根据《中华人民共和国城乡规划法》

第六十四条　未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实 物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。 　　

第六十五条　在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。 　　

早期很多地方都进行了招商引资，但是招商引资要分不同的部门机关。比如有的村委会招商引资，但是村委会不具备招商引资审批权，村委会的审批权只局限于宅基地。乡镇招商引资的权利范围是农村集体土地，市县区则是城市国有土地。他们当时进行招商引资，并且同意在土地上建设房屋、厂房，这种情况在司法实践中，特别在江苏、浙江一带已经有相关的司法判例，不应该随便确认是违章建筑。原因在于地方建筑合法性的审批权就在区政府下面的规划国土部门，招商引资的行为是区政府做出的明文规定或红头文件，对认定建筑合法性有法定职权。既然通过招商引资的行为同意兴建，就不能随便认定为违章建筑。