劳动者当时签订劳动合同时，如果用人单位不存在欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况，即视为双方协商一致，只要劳动合同约定的工资高于当地最低工资标准就是合法的。
如果劳动者对待遇有异议，可以先和用人单位协商，协商不成可以去当地劳动争议仲裁部门申请仲裁。
根据《劳动合同法》
第十八条 劳动合同对劳动报酬和劳动条件等标准约定不明确，引发争议的，用人单位与劳动者可以重新协商；协商不成的，适用集体合同规定；没有集体合同或者集体合同未规定劳动报酬的，实行同工同酬；没有集体合同或者集体合同未规定劳动条件等标准的，适用国家有关规定。
代理合同和劳动合同性质是不一样的。你们公司和代理公司之间属于代理销售关系，而你们公司和你之间属于劳动关系，两者的底薪提成制度肯定是不一样的，不用纠结。
要求与公司重新签订劳动合同就是了。
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