昌都属高原亚温带亚湿润气候。夏季气候温和湿润，冬季气候干冷，年温差小，日温差大。年平均日照数为2100—2700小时，年无霜期46—162天，年降水量为477.7毫米，集中在5—9月。常见的自然灾害有霜冻、雪灾、冰雹。
