一、三方上面用人单位和档案投递地址可以在不同城市吗？（档案不是原籍地址也可以嘛？）
三方上面地址必须要一致，不能是两个地方。
二、入职的时候是不是一定要报到证？报到证上是不是只有档案调动的信息？对户口有影响吗？
应届毕业生入职必须要有报到证，这个是国家规定和要求的。如果你户口在原籍，报到证就只是派遣档案用的。
三、那我是不是应该拿报到证去S城的公司报道？那么计算工龄，干部身份转正这些也是跟S城的公司有关？但是我实际是在D城的公司工作，这样是不是有冲突？
如果你去S地报道，等于你的工作关系什么的都在S；在D这边不能办理有效的关系，只是工作在这边而已，对你没什么好处。
四、社保的养老保险可不可以单独在S城缴纳？（S城的公司说可以）有什么影响？
社保养老你如果把户口档案都转移到S地，可以在那边缴纳，去社保局办理个人缴纳就可以。
你的方案2也可以操作，但是户口和档案就分开了，以后很多地方都会比较麻烦；建议最好户口档案一致。你最好的办法就是工作也在S地，户口档案都过去；要么就都放在D；这样以后都会好，不要来回折腾。
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