少部分患儿可能出现一些近、远期并发症，如术后早期的低心排出量、房室传导阻滞、出血、感染、残余分流等，这些早期并发症经相应治疗，其中大多数孩子也会康复。少部分可能留下后遗症，后遗症也可以进行治疗，比如三度房室传导阻滞需安置永久性起搏器，残余分流必要时需介入或手术治疗。远期可能发生室性心律失常、瓣膜反流导致右心功能损害等，可以进行相应治疗。总的说来，法乐四联症患儿手术治疗的效果是令人满意的。
