第一，保护的对象不同。著作权保护的是供人们欣赏、学习和阅读的作品，如小说等；商标权保护的是用于区别不同生产经营者和不同商品的商品和服务标记，如海尔等商标。第二，保护的条件和要求不同。《著作权法》可以保护两部主题相同的作品，只要这些作品具有独创性。但《商标法》不会保护在同一种或同一类商品上的两个相同的商标。第三，权利产生方式不同。著作权通常自动产生，不必经过任何登记或审查程序；商标则必须依法由国家特定的行政机关进行审查后授予合法申请人。
著作权与商标权是知识产权法律制度的重要组成部分;尽管二者有共同之处，但由于商标权是工业产权的一种，而著作权与工业产权是相对的两种知识产权，因此，二者有许多不同之处：
1.依我国《著作权法》的规定，著作权是指文学、艺术和科学作品的创作人或其他依法享有著作权的公民、法人或非法人单位所享有的以对其作品的支配为客体的一种民事权利，具体包括著作人身权与著作财产权。著作人身权专属于作者本人，包括发表权、署名权、修改权与保护作品完整权。著作财产权是指著作权人对其作品的使用权和获得报酬权，它可以依法转移给著作权人的继承人或承受著作权人权利义务的法人或非法人单位或由国家享有。
2.商标权是指商标注册人依法对其注册商标所享有的一种民事权利。在我国，商标权的取得必须经国家工商局商标局核准。商标权主要包括商标专用权、商标转让权、商标使用许可权及商标继承权等。其中，商标专用权是商标权的核心。
著作权与商标权尽管均属于知识产权，但二者有许多区别。从分类方面讲，商标权属于工业产权，而工业产权与著作权是知识产权的两大分支。从权利的特性方面讲，著作权与商标权有以下区别：
1，在权利主体方面，著作权的主体既可以是公民个人，也可以是法人或非法人单位;既可以是作者本人，也可是其继承人或其权利义务的承受人，有时还可以是国家。商标权的主体主要是法人，公民个人如在我国申请注册商标，则必须是个体工商业者。国家不能成为商标权的主体。
2.在权利的取得方面，著作权的取得一般为自动产生，商标权的产生则需国家行政机关的确认。
3.在权利的标的物方面，著作权的标的物为文学、艺术和科学等作品，商标权的标的物为使用于商品或服务的商标。
4.在权利的独占性方面，著作权中两人分别独立完成同样的作品均可获得著作权，商标权则具有相当强的排他性，不仅不能出现保护范围相同的相同商标，而且不能出现保护范围相同的近似商标。对于驰名商标，权利的独占性更为明显。
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