年休假工资补贴属于工资的组成部分，应当纳入缴纳个人所得税的计算基数。该月总计工资总额扣除社会保险费用、住房公积金等费用，超过3500元的，应当缴纳缴纳个人所得税。法律依据：《关于工资总额组成的规定》第四条 工资总额由下列六个部分组成：（一）计时工资；（二）计件工资；（三）奖金；（四）津贴和补贴；（五）加班加点工资；（六）特殊情况下支付的工资。《个人所得税法》第一条 在中国境内有住所，或者无住所而在境内居住满一年的个人，从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。第六条 应纳税所得额的计算：一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
如果是按月发放的，就并入当月工资总额中就行了
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