在美国已经读了2年博士了，回国结婚，被check了半年，然后签证被拒了，再签过的可能性？

你自己说了，你的同学/同事“被check了两个礼拜吧，然后clear了”，然而你被check了半年拒签，你自己也能想象到你被check的多莫仔细认真多莫严格吧。
“一模一样”，只是说明现在，不能比照过去，check得使你的背景。按照你的说法，虽然你们现在的研究是一样的，但是过去在那里工作过的背景，甚至家庭社会背景不一样，都会导致不一样的结果。
你说得不错，短时间内重新签签过的可能性很小，尤其你的材料、个人情况没有很大的变化，结果差不多也是悲观的。不过你不想放弃，只有努力试一下了。
1）联系你老板，把情况跟他说明，让他再给你写一封信，给使馆的，说明情况，除了介绍专业方面的fundamental、basic以外，如果能对你的人格、信誉给于好的评价，是能起作用的。（当然看你跟老板的关系）。
2）自己也准备一封信，将你的专业介绍一下，当然重点说明你的专业与军方、尖端科技没有关系等等。
3）如果你所在城市有信誉口碑比较好的中介公司，花点钱咨询一下，毕竟他们接触的多，可能对你会有参考。
这次有没有可能拿到签证，谁也不知道，至于什么材料可能是这次签证至关重要的东西，除了签证官没人知道，因为只有他们知道拒绝你的真实原因，所以你只能从大面上，从Security grounds上面去做文章了。

你在美国已经呆了两年，不会不知道美国的形势吧？！

你听说过李文和的案子么？

近一两年又有无数的中国人被指责成间谍的案子

你既然知道你的专业是敏感专业，你应该有所警觉呀！

为什么还轻易离开美国？！

而且还是同时回国！

你们太掉以轻心了！

每个人的情况都不一样，结果也就不同。
具体到你的情况，你有两个问题：
一个是专业背景。
还有一个是你的经历。
你是07年F2来美？然后转成F1了？
单单就这一条就够拒签你的了，何况你还在那么敏感的专业。
现在唯一你能做的就是看看你老板能不能帮你，
如果他和领馆沟通一下，也许你还有机会。

真是一个无聊的人!