A、用蛋白酶处理后，乙酶随时间的推移活性降低，说明乙酶在蛋白酶催化下被后被分解，乙酶的化学本质肯定是蛋白质，A正确；
B、由以上A知，乙酶的化学本质是蛋白质，蛋白酶能使蛋白质的分子结构改变，从而降低了乙酶的活性，B正确；
C、甲酶用蛋白酶处理后，酶的活性不变，说明甲酶能够抗该种蛋白酶降解，甲酶的化学本质不是蛋白质，甲酶可能是具有催化功能的RNA，C正确；
D、由以上C的分析，甲酶是具有催化功能的RNA，甲酶不被分解是因为酶具有专一性，RNA不能被蛋白酶分解，D错误．
故选：D．
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