启东是属于南通的，但是听你的意思是不是经不经过南通市区？可以肯定的是，去启东走崇启大桥最快，过了崇明就到了，这是走东边；走西边就是苏通大桥，过了常熟，到了江对岸是南通开发区，这个时候启东、海门在东边，而南通市区在西边，所以理论上不管怎么过江都不会走过市区。松江到启东，应该是从西边走，沈海高速一路向北就是苏通大桥。
